Les infections résistantes aux antibiotiques chez les patients COVID-19 accélèrent-elles l’ère post-antibiotique ?

La pandémie de COVID-19 a profondément bouleversé la prise en charge des patients en réanimation, tout en exacerbant un autre défi majeur de la médecine moderne : la résistance aux antibiotiques. Entre 2020 et 2022, une étude menée dans une unité de soins intensifs brésilienne a révélé que près de 29 % des patients atteints de formes graves de COVID-19 ont développé des infections nosocomiales, c’est-à-dire contractées à l’hôpital. Ces infections, souvent causées par des bactéries multirésistantes, ont prolongé les séjours en réanimation et augmenté le taux de mortalité, déjà élevé à 54,4 %.

Les infections les plus fréquentes étaient les pneumonies sous ventilation mécanique et les infections du sang. Les bactéries en cause étaient majoritairement des bacilles Gram négatifs, comme Acinetobacter baumannii et Klebsiella pneumoniae, deux espèces réputées pour leur résistance aux carbapénèmes, une classe d’antibiotiques de dernier recours. Près de 94 % des souches d’Acinetobacter baumannii et 86 % de celles de Klebsiella pneumoniae identifiées dans cette étude présentaient cette résistance. Cette situation limite drastiquement les options thérapeutiques disponibles, car les carbapénèmes sont souvent utilisés en dernier recours pour traiter les infections graves.

Un autre phénomène inquiétant a été observé : 21,4 % des bactéries Gram négatives isolées étaient naturellement résistantes à la polymyxine B, un antibiotique puissant généralement efficace contre les souches multirésistantes. Parmi ces bactéries, on retrouve Serratia, Providencia stuartii, Burkholderia cepacia et Stenotrophomonas maltophilia. La présence de ces pathogènes complique encore davantage la prise en charge, car ils réduisent l’efficacité des traitements disponibles. De plus, Ralstonia mannitolilytica, bien que moins connue, a également été identifiée comme présentant une sensibilité réduite aux polymyxines.

Les patients infectés par des souches résistantes aux carbapénèmes avaient un risque de décès presque trois fois plus élevé que les autres. Cette association a été confirmée par une analyse statistique approfondie, qui a également montré que la ventilation mécanique, souvent indispensable pour les cas graves de COVID-19, multipliait par plus de quatre le risque de mortalité. Ce lien s’explique en partie par le fait que la ventilation mécanique reflète une détérioration clinique avancée, mais aussi par le risque accru d’infections nosocomiales lié à l’utilisation prolongée de dispositifs invasifs comme les cathéters ou les tubes endotrachéaux.

Les champignons, notamment ceux du genre Candida, ont également joué un rôle non négligeable, représentant 13,1 % des infections nosocomiales. Leur présence était particulièrement marquée dans les infections du sang, où ils constituaient 25,5 % des cas. Cette augmentation des candidémies chez les patients COVID-19 en réanimation s’explique par l’affaiblissement du système immunitaire, souvent aggravé par l’utilisation de corticoïdes à haute dose pour lutter contre l’inflammation pulmonaire sévère. Ces traitements, bien que nécessaires pour sauver des vies, ont aussi favorisé le développement d’infections opportunistes.

L’étude a par ailleurs mis en lumière un paradoxe clinique : malgré un taux très faible de co-infections bactériennes confirmées à l’admission, plus de 87 % des patients ont reçu des antibiotiques dès leur arrivée à l’hôpital. Cette pratique, motivée par la difficulté à distinguer une infection virale d’une surinfection bactérienne, a contribué à exercer une pression sélective intense sur les bactéries, accélérant ainsi l’émergence de résistances. Les traitements initiaux les plus fréquents associaient ceftriaxone et azithromycine, une combinaison couramment utilisée pour les pneumonies acquises en communauté. Pourtant, des essais cliniques ont depuis démontré que l’azithromycine n’apporte aucun bénéfice dans le traitement du COVID-19, ce qui soulève des questions sur l’usage excessif de cet antibiotique.

Les séjours prolongés en réanimation, souvent nécessaires pour les patients les plus graves, ont également joué un rôle clé. Les patients ayant développé une infection nosocomiale sont restés en moyenne 15 jours en réanimation, contre seulement 7 jours pour ceux sans infection. Chez les survivants, cette différence était encore plus marquée : 19 jours avec infection contre 6 jours sans. Ces séjours prolongés augmentent non seulement le risque d’infections secondaires, mais aussi les coûts et la charge de travail pour les équipes soignantes, déjà mises à rude épreuve par la pandémie.

La majorité des infections nosocomiales sont survenues en 2021, année où l’unité de soins intensifs a accueilli le plus grand nombre de patients, avec 229 admissions contre 71 en 2020. Cette augmentation brutale a mis à mal les ressources disponibles, y compris le personnel soignant et les équipements de protection, créant un environnement propice à la propagation des infections. En 2022, bien que la capacité de l’unité ait été maintenue, le nombre d’admissions a diminué, et avec lui, le nombre d’infections, suggérant que l’expérience acquise et l’amélioration des protocoles de prévention ont pu jouer un rôle protecteur.

Les bactéries Gram positives, comme Enterococcus faecalis ou Staphylococcus epidermidis, étaient moins fréquentes, mais leur présence dans les infections du sang rappelle que les dispositifs médicaux invasifs, tels que les cathéters veineux centraux, restent une porte d’entrée majeure pour ces pathogènes. Leur traitement, bien que souvent plus simple que celui des bactéries Gram négatives, nécessite une vigilance accrue pour éviter les complications.

Cette étude illustre comment la pandémie de COVID-19 a agi comme un accélérateur de la crise de la résistance aux antibiotiques. Les conditions extrêmes rencontrées en réanimation, avec une utilisation massive d’antibiotiques à large spectre et une saturation des services, ont favorisé l’émergence et la dissémination de souches bactériennes résistantes. Les projections avant la pandémie estimait déjà que les infections résistantes pourraient causer jusqu’à 10 millions de décès par an d’ici 2050, dépassant ainsi les mortalité combinées du cancer, du diabète et des accidents de la route. La crise sanitaire récente a probablement accéléré cette tendance, rendant plus urgente que jamais la nécessité de renforcer les stratégies de prévention des infections et de gestion des antibiotiques.

Crédits

Étude source

DOI : https://doi.org/10.1186/s12982-026-02190-9

Titre : Multidrug resistant infections in COVID-19 patients drive the transition toward a post antibiotic era

Revue : Discover Public Health

Éditeur : Springer Science and Business Media LLC

Auteurs : Alex Mauricio Garcia Santos; Eliane Campos Coimbra; Jakson Gomes Figueiredo; João Vitor Alves de Menezes Feitosa; Diego Lins Guedes